Her sistemde olduğu gibi CNC tezgah ve sistemlerinin avantajları yanında bazı dezavantajları mevcuttur. Bunlar şunlardır; 

Detaylı bir imalat planı gereklidir. 
Pahalı bir yatırımı gerektirir. 
Tezgahın saat ücreti yüksektir. 
Konvensiyonel tezgahlara kıyaslandığında daha titiz kullanım ve bakım isterler. 
Kesme hızları yüksek ve kaliteli kesicilerin kullanılması gerekir. 
Peryodik bakımları uzman ve yetkili kişiler tarafından düzenli olarak yapılmalıdır.